Để khuyến khích, thu hút các doanh nghiệp thực hiện xuất nhập khẩu hàng hóa qua Cảng Nghi Sơn, HĐND tỉnh đã ban hành chính sách hỗ trợ các hãng tàu mở tuyến vận chuyển container quốc tế, với mức hỗ trợ 200 triệu đồng/chuyến; chính sách hỗ trợ doanh nghiệp xuất nhập khẩu hàng hóa bằng container qua Cảng Nghi Sơn, với mức 0,7 triệu đồng/container 20 feet và 01 triệu đồng/container 40 feet. Đến nay, Cảng biển Nghi Sơn đã thu hút được Hãng tàu CMA-CGM khai thác tuyến vận chuyển container quốc tế với tổng cộng 91 chuyến tàu cập cảng, thu ngân sách khoảng 1.180 tỷ đồng, trong đó đã hỗ trợ cho đơn vị 86 chuyến với kinh phí 17,2 tỷ đồng; hỗ trợ cho 1.545 container hàng hóa của 03 doanh nghiệp, gồm: Công ty Cổ phần Tập đoàn VAS Nghi Sơn, Công ty Cổ phần Đầu tư và Thương mại MHS, Công ty TNHH Xuất nhập khẩu GEO Pacific, với số tiền 1,3 tỷ đồng.
Bên cạnh những kết quả đạt được, công tác xuất nhập khẩu hàng hóa qua Cảng biển Nghi Sơn vẫn còn nhiều khó khăn, hạn chế, đó là: Công tác đầu tư xây dựng cơ sở hạ tầng, kho bãi, trang thiết bị tại Cảng còn chậm, năng lực xếp dỡ còn thấp; dịch vụ vận tải đường bộ vận chuyển hàng container chưa được nhiều doanh nghiệp đầu tư; chưa có nhiều hãng tàu mở tuyến vận chuyển bằng container đi quốc tế qua Cảng Nghi Sơn. Ngoài ra, do tình trạng thiếu vỏ container tại Cảng Nghi Sơn, nên các doanh nghiệp phải chịu thêm chi phí vận chuyển vỏ container từ các cảng phía Bắc và các cước phí khác, làm tăng chi phí xuất hàng hóa trong khi các chính sách hỗ trợ chưa đủ bù đắp.
Để thúc đẩy năng lực xuất nhập khẩu hàng hóa qua Cảng biển Nghi Sơn trong giai đoạn tới, bên cạnh việc huy động tối đa các nguồn lực để đầu tư hoàn thành đưa vào sử dụng các công trình giao thông kết nối, cảng biển, cảng hàng không, đường sắt, đường thủy, đường bộ, kho bãi, đáp ứng yêu cầu phát triển logistics trong Khu kinh tế Nghi Sơn và khu vực trong thời gian tới, cần tiếp tục nghiên cứu xây dựng cơ chế, chính sách khuyến khích phát triển dịch vụ logistics trên địa bàn tỉnh, kêu gọi đầu tư xây dựng và khai thác Trung tâm logistics cấp vùng tại Khu kinh tế Nghi Sơn, các trung tâm logistics cấp tỉnh tại thành phố Thanh Hóa và khu công nghiệp Lam Sơn - Sao Vàng; nghiên cứu sửa đổi, bổ sung, ban hành mới các chính sách hỗ trợ phương tiện vận tải biển quốc tế và nội địa; chính sách hỗ trợ doanh nghiệp xuất nhập khẩu hàng hóa bằng container qua Cảng Nghi Sơn...