Các cơ quan cấp vùng và các cơ quan của trung ương trên địa bàn
1.Kiểm lâm vùng II.
Địa chỉ: số 2- Trần Hưng Đạo-,phường Hàm Rồng - TP Thanh Hoá.
Phạm vi hoạt động của Cơ quan Kiểm lâm vùng II gồm các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương (sau đây gọi chung là tỉnh): Thanh Hoá, Nghệ An, Hà Tĩnh, Quảng Bình, Quảng Trị, Thừa Thiên - Huế, thành phố Đà Nẵng, Quảng Nam, Bình Định, Quảng Ngãi, Phú Yên, Khánh Hoà, Đắc Nông, Đắc Lắc, Gia Lai và Kon Tum.
2. Chi nhánh Phòng thương mại và công nghiệp Việt Nam tại Thanh Hóa.
Địa chỉ: Số 91 Nguyễn Chí Thanh, P. Đông Thọ, TP. Thanh Hóa
VPĐD Phòng thương mại và công nghiệp Việt Nam tại Thanh Hoá được thành lập theo quyết định số 0541/2000/PTM-TCCB do chủ tịch Phòng TM&CN Việt Nam ký vào ngày 07/04/2000 với chức năng, nhiệm vụ là đại diện cho cộng đồng doanh nghiệp, người sử dụng lao động và các hiệp hội doanh nghiệp tại Thanh Hoá và Ninh Bình nhằm mục đích phát triển, bảo vệ và hỗ trợ các doanh nghiệp, góp phần phát triển kinh tế - xã hội của Tỉnh Thanh Hoá và Ninh Bình.
3. Cục Hải quan Thanh Hóa
Địa chỉ:21 Phan Chu Trinh, phường Điện Biên, thành phố Thanh Hóa, tỉnh Thanh Hóa
Các đơn vị trực thuộc Cục gồm:
Chi cục Hải quan Nam Định (bao gồm: Đội Tổng hợp, Đội Nghiệp vụ, Tổ công tác hải quan tại Cảng Hải Thịnh, Tổ công tác hải quan tại ICD Hòa Xá);
Chi cục Hải quan Ninh Bình (bao gồm: Đội Tổng hợp, Đội Nghiệp vụ, Tổ công tác hải quan tại Cảng Ninh Phúc, Tổ công tác hải quan tại ICD Phúc Lộc);
Chi cục Hải quan quản lý các Khu công nghiệp tỉnh tỉnh Hà Nam (bao gồm: Đội Tổng hợp và Đội Nghiệp vụ);
Chi cục Hải quan cửa khẩu quốc tế Na Mèo (bao gồm Đội Tổng hợp, Đội Nghiệp vụ);
Chi cục Hải quan cửa khẩu Cảng Thanh Hoá (bao gồm: Đội Tổng hợp, Đội Nghiệp vụ và Đội thủ tục hải quan cảng Nghi Sơn); Chi cục Kiểm tra sau thông quan (bao gồm: Đội Tham mưu tổng hợp và Đội Kiểm tra sau thông quan); Đội Kiểm soát phòng chống ma tuý (bao gồm: Tổ Tham mưu và Tổ Kiểm soát cơ động); Đội Kiểm soát Hải quan (Tổ công tác tàu HQ-63).
4. Kiểm toán nhà nước khu vực XI
Hoạt động trên địa bàn các tỉnh: Nam Định, Ninh Bình,Thanh Hóa,Thái Bình.
5.Trung tâm Nghiên cứu dược liệu Bắc Trung bộ
Địa chỉ: Ngõ 197 Hải Thượng Lãn Ông, Thành phố Thanh Hóa, tỉnh Thanh Hóa.
6. Chi nhánh Bắc Trung Bộ - Công ty CP Định giá và Dịch vụ Tài chính Việt Nam (VVFC) (tiền thân là Trung tâm Thẩm định giá - Bộ Tài chính)
Số 20, Phan Chu Trinh, phường Điện Biên, TP Thanh Hóa.
7.Ban Quản lý Đầu tư và Xây dựng Thuỷ lợi 3
Địa chỉ:Số 668 Phố Bà Triệu -Phường Điên Biên, TP Thanh Hoá
8.Cục Dự trữ Nhà nước khu vực Thanh Hoá
- Địa chỉ: Số 572 đường Nguyễn Trãi - Phường Phú Sơn - Thành phố Thanh Hoá - Tỉnh Thanh Hóa.
9. Chi cục Đăng kiểm số 12
Địa chỉ: Số 7 Hạc Thành -P. Điện Biên - Tp Thanh Hoá